02/18
メールマガジンバックナンバー No Comments
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■オープンソースコミュニティ紹介 ～from OSS コミュニティ辞典～
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■！！新着！！「オープンソース」を使ってみよう
第27回：フリーソフトウェアを用いたゲノム科学におけるビッグデータ処理
第28回：Mercurial 編
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02/07
OSC2013 Hamamatsuの開催について、浜松経済新聞へ掲載されました。
▼掲載記事
「浜松で初の「オープンソースカンファレンス」－地元企業など33団体参加」
（2013年02月05日）
OSC2013 Hamamatsu → http://www.ospn.jp/osc2013-hamamatsu/
02/06
OSC News, イベント案内 No Comments
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オープンソースカンファレンスは、セミナーやイベント企画が盛りだくさん！
みどころをご紹介します！
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2日間の開催中、多彩なセミナー講演と様々な展示ブース、特別企画など
全て無料でご参加いただけます。
OSS初心者から上級者まで、お楽しみいただける企画が満載です。
皆様のご来場をお待ちしております。
01/30
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mercurial-users.jp
近藤 隆幸
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Table of Contents
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1. Mercurial の概要
2. Mercurial の特長
3. 本記事の対象読者
4. ダウンロードおよびインストール
5. インストール後の設定
6. 事前準備
7. ひとりで始める Mercurial
8. 最後に
mercurial-users.jp の近藤と申します。はじめまして。
私からは、 Mercurial という分散バージョン管理ソフトウェアを
簡単に紹介させていただきます。
Mercurial は、分散バージョン管理ソフトウェアです。
分散とはなんのことでしょうか？
分散とは、リポジトリが分散しています。
リポジトリをローカルに持つことで、ローカル上で作業ができるなど
様々な利点があります。
このような分散型に分類される似たような考え方のソフトウェアとしては、
Git や Bazaar といったソフトウェアがあります。
また DVCS (Distributed Version Control System) と呼ばれることも
多いです。
01/24
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東京農工大学ゲノム科学人材育成プログラム特任教授
石井 一夫
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1. ゲノム科学で用いられるフリーソフトウェア
次世代シーケンサーというDNA塩基配列情報を大量に産生する機器が実用化
されて数年が経過し、ゲノム科学を扱う医学、生物学の世界では日々のDNA
塩基配列データの産生量や、その取り扱うデータ量が飛躍的に増えています。
これらのデータ処理にはUNIX/Linuxを中心とするフリーソフトウェアは欠か
せません。
(1) 汎用のフリーソフトウェア
次世代シーケンサーのデータは、例えばイルミナ社製の解析機器から産生
されるデータの場合、1ファイルあたりに数千万断片から数億断片のDNA
塩基配列データとそのクウォリティデータを含むファイルが産生されます。
それを、(1) catやgrep、sed、awkなどのシェルのコマンドや、(2) Perl、
Python、Rubyなどのスクリプト言語、(3) R、Octaveなどの統計解析言語
を組み合わせて処理します。
必要に応じて、(4) MySQL、PostgreSQLなどのデータベースも使用します。
むしろ、このようなスケールのデータ解析では、データベースは必須です。
(2) 生物学的なデータ解析専用のソフトウェア
もちろん、生物学的な情報解析専用のソフトウェアも多数開発されています。
例えば、(1) 次世代シーケンサーから産生されたDNA塩基配列データを互いに
ジグソーパズルのように結合させ、長いDNA塩基配列を得るアセンブリと呼ば
れるデータ解析行程では、Velvet、Oases、Trinityなどが使用されます。
また、(2) 次世代シーケンサーから産生されたDNA塩基配列データを既知の
DNA塩基配列へ整列させるマッピングと呼ばれるデータ解析行程では、BWA、
Bowtieなどが使用されます。
(3)このようにして得られた長めのDNA塩基配列データと既知のDNA塩基配列
との相同性の検索には、BLASTなどが用いられます。Perl、Python、Ruby、
Javaなどには、(4) 生物学的なデータの解析に特化した関数などを集めた
ライブラリが整備されており、それぞれBioPerl、BioPython、BioRuby、
BioJavaと呼ばれています。
また、統計解析ソフトのRには、(5) Bioconductorと呼ばれる生物学的解析用
のパッケージ群が存在します。
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