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OSPN Press編集部Use it ! OSS
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mercurial-users.jp
近藤 隆幸
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Table of Contents
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1. Mercurial の概要
2. Mercurial の特長
3. 本記事の対象読者
4. ダウンロードおよびインストール
5. インストール後の設定
6. 事前準備
7. ひとりで始める Mercurial
8. 最後に
1. Mercurial の概要
mercurial-users.jp の近藤と申します。はじめまして。
私からは、 Mercurial という分散バージョン管理ソフトウェアを
簡単に紹介させていただきます。
Mercurial は、分散バージョン管理ソフトウェアです。
分散とはなんのことでしょうか？
分散とは、リポジトリが分散しています。
リポジトリをローカルに持つことで、ローカル上で作業ができるなど
様々な利点があります。
このような分散型に分類される似たような考え方のソフトウェアとしては、
Git や Bazaar といったソフトウェアがあります。
また DVCS (Distributed Version Control System) と呼ばれることも
多いです。
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01/24
OSPN Press編集部Use it ! OSS
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東京農工大学ゲノム科学人材育成プログラム特任教授
石井 一夫
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1. ゲノム科学で用いられるフリーソフトウェア
次世代シーケンサーというDNA塩基配列情報を大量に産生する機器が実用化
されて数年が経過し、ゲノム科学を扱う医学、生物学の世界では日々のDNA
塩基配列データの産生量や、その取り扱うデータ量が飛躍的に増えています。
これらのデータ処理にはUNIX/Linuxを中心とするフリーソフトウェアは欠か
せません。
(1) 汎用のフリーソフトウェア
次世代シーケンサーのデータは、例えばイルミナ社製の解析機器から産生
されるデータの場合、1ファイルあたりに数千万断片から数億断片のDNA
塩基配列データとそのクウォリティデータを含むファイルが産生されます。
それを、(1) catやgrep、sed、awkなどのシェルのコマンドや、(2) Perl、
Python、Rubyなどのスクリプト言語、(3) R、Octaveなどの統計解析言語
を組み合わせて処理します。
必要に応じて、(4) MySQL、PostgreSQLなどのデータベースも使用します。
むしろ、このようなスケールのデータ解析では、データベースは必須です。
(2) 生物学的なデータ解析専用のソフトウェア
もちろん、生物学的な情報解析専用のソフトウェアも多数開発されています。
例えば、(1) 次世代シーケンサーから産生されたDNA塩基配列データを互いに
ジグソーパズルのように結合させ、長いDNA塩基配列を得るアセンブリと呼ば
れるデータ解析行程では、Velvet、Oases、Trinityなどが使用されます。
また、(2) 次世代シーケンサーから産生されたDNA塩基配列データを既知の
DNA塩基配列へ整列させるマッピングと呼ばれるデータ解析行程では、BWA、
Bowtieなどが使用されます。
(3)このようにして得られた長めのDNA塩基配列データと既知のDNA塩基配列
との相同性の検索には、BLASTなどが用いられます。Perl、Python、Ruby、
Javaなどには、(4) 生物学的なデータの解析に特化した関数などを集めた
ライブラリが整備されており、それぞれBioPerl、BioPython、BioRuby、
BioJavaと呼ばれています。
また、統計解析ソフトのRには、(5) Bioconductorと呼ばれる生物学的解析用
のパッケージ群が存在します。
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01/21
OSPN Press編集部メールマガジンバックナンバー
■オープンソースカンファレンス開催レポート
-OSC2012 Fukuoka
-OSC2012 .Cloud
■オープンソースコミュニティ紹介 ～from OSS コミュニティ辞典～
-Openbravo-pos.JP
-SAKURAボードユーザ会
-関西 *BSD ユーザ会
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01/10
OSPN Press編集部OSC News, OSC開催レポート
2012年12月16日(日)東京・品川で「オープンソースカンファレンス2012 .Cloud」を開催しました。クラウドにテーマを絞ったOSCは初めてです。
会場は日本マイクロソフトの本社のセミナールームをお借りしました。
「オープンソースカンファレンスがマイクロソフトで開催される」ということは、OSS界隈では、ちょっとした話題になったのではないでしょうか。
メディア掲載
・『OSSコミュニティが「OSC2012.Cloud」を開催、
日本マイクロソフトが会場を初提供』 ITpro 2012/12/17付 (高橋 信頼)
クラウド関連で活動しているOSSコミュニティや、クラウド関連のソリューションやサービスを提供している企業が最新情報を持ち寄り、セミナーと展示が行われました。
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01/08
OSPN Press編集部OSC News, OSC開催レポート
去る12月8日(土)に、「OSC2012 Fukuoka」が、
福岡県福岡市内にあるKCS福岡情報専門学校内で開催されました。
福岡での開催は今回で6度目となります。
12月という年末の多忙な時期であるにも関わらず、多数の出展団体の皆様、
来場者の皆様にご来場いただき、今回のOSCを盛り上げていただきました。
会場は、天神エリアと博多駅エリアの中間地点にあり非常に交通の便も良い
ところです。両エリアからは、ちょっぴり頑張れば徒歩でも来場可能です。
前日は、雷雨そして風が強いといった散々な天気でした・・・
当日の天気予報は「午前中は雨、午後からは雨が雪に変わるでしょう」と
外出が億劫になるような予報でしたが、日ごろの行いのおかげ（？）で、
天気予報が見事に外れ朝方に小雨が降っただけで晴れになりました。
前日の15時半からスタッフは開催会場に入り会場設営を行いました！
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